パッケージ: khmer (3.0.0~a3+dfsg-4 など)

[ ソース: khmer  ]

in-memory DNA sequence kmer counting, filtering & graph traversal

khmer is a library and suite of command line tools for working with DNA sequence. It is primarily aimed at short-read sequencing data such as that produced by the Illumina platform. khmer takes a k-mer-centric approach to sequence analysis, hence the name.

タグ: 生物学: Fasta/Pearson, 核酸, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: implemented-in::c++, implemented-in::python, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, use::analysing, 目的: 比較, フィルタリング

その他の khmer 関連パッケージ

• dep: khmer-common

  common files for the khmer project tools

• dep: libbz2-1.0

  高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム

• dep: libc6 (>= 2.32)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-screed

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

khmer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	3.0.0~a3+dfsg-4+b2	6,913.1 kB	37,398.0 kB	[ファイル一覧]