パッケージ: glam2 (1064-9)

[ ソース: glam2  ]

gapped protein motifs from unaligned sequences

GLAM2 is a software package for finding motifs in sequences, typically amino-acid or nucleotide sequences. A motif is a re-occurring sequence pattern: typical examples are the TATA box and the CAAX prenylation motif. The main innovation of GLAM2 is that it allows insertions and deletions in motifs.

This package includes programs for discovering motifs shared by a set of sequences and finding matches to these motifs in a sequence database, as well as utilities for converting glam2 motifs to standard alignment formats, masking glam2 motifs out of sequences so that weaker motifs can be found, and removing highly similar members of a set of sequences.

The package includes these programs:

 glam2:       discovering motifs shared by a set of sequences;
 glam2scan:   finding matches, in a sequence database, to a motif discovered
              by glam2;
 glam2format: converting glam2 motifs to  standard alignment formats;
 glam2mask:   masking glam2 motifs out of sequences, so that weaker motifs
              can be found;
 glam2-purge: removing highly similar members of a set of sequences.

In this binary package, the fast Fourier algorithm (FFT) was enabled for the glam2 program.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, use::comparing, 検索, サポート形式: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

その他の glam2 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5)

  高速フーリエ変換計算ライブラリ - 倍精度

glam2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	230.0 kB	507.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	222.7 kB	491.0 kB	[ファイル一覧]
armel	216.8 kB	474.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	214.4 kB	402.0 kB	[ファイル一覧]
i386	233.3 kB	518.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	227.4 kB	543.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	226.3 kB	513.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	242.6 kB	763.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	226.3 kB	515.0 kB	[ファイル一覧]