パッケージ: bamtools (2.5.2+dfsg-4)

[ ソース: bamtools  ]

BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール

BamTools は、BAM ファイルを用いた研究解析とデータ管理を支援します。 現行のシーケンシング技術により生成された、通常圧縮されたバイナリフォーマット で格納されており、生物情報学研究に通常用いられているテキストベースの パーサーでは容易に扱うことのできない、莫大なデータを扱えます。

BamTools は BAM ファイルサポート用の C++ API と コマンドラインツールの 両方を提供します。

これは bamtools コマンドラインツールキットです。

使用可能な bamtools コマンド:

 convert  BAM とその他多数のフォーマットとの間の変換
 count    BAM ファイル内のアラインメント数を表示
 coverage 入力 BAM ファイルからカバレッジ統計を表示
 filter   ユーザー定義の基準にしたがって BAM ファイルをフィルタリング
 header   BAM ヘッダ情報を表示
 index    BAM ファイルのインデックスを生成
 merge    複数の BAM ファイルを一つにマージ
 random   既存の BAM ファイルからランダムなアラインメントを選択
          （テストツールなど用）
 resolve  ペアエンドリードを解決（必要に応じて IsProperPair フラグをセット）
 revert   重複マークを削除して元のベース品質を復元
 sort     BAM ファイルをなんらかの基準に従ってソート
 split    ユーザー定義のプロパティで BAM ファイルを分割し、各値が見付かる
          ごとに新しい出力 BAM ファイルを作成
 stats    入力 BAM ファイルから基本的統計を表示

タグ: 実装言語: C++, 役割: プログラム

その他の bamtools 関連パッケージ

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

bamtools のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	188.4 kB	630.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	164.2 kB	598.0 kB	[ファイル一覧]
armel	160.9 kB	597.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	168.7 kB	469.0 kB	[ファイル一覧]
i386	202.3 kB	697.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	155.8 kB	754.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	161.4 kB	744.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	187.5 kB	790.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	163.1 kB	646.0 kB	[ファイル一覧]