Package: seaview (1:5.0.5-2 and others)

[ Source: seaview  ]

interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

SeaView è un visualizzatore ed editor per allineamenti multipli di sequenze, cioè sequenze di DNA o proteine sono posizionate ciascuna nella propria riga separata, in modo che il nucleotide/aminoacido in una particolare posizione (colonna) sia considerato avere la stessa proprietà biochimica.

SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0.

SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, interface::graphical, interface::x11, Networking: Client, Network Protocol: Need an extra tag, Role: role::program, scope::utility, Interface Toolkit: FLTK, Purpose: Need an extra tag, use::comparing, use::editing, Printing, use::viewing, works-with-format::plaintext, Works with: works-with::biological-sequence, x11::application

Other Packages Related to seaview

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfltk-images1.3t64

  Fast Light Toolkit - gestione caricamento delle immagini

• dep: libfltk1.3t64 (>= 1.3.4)

  Fast Light Toolkit - libreria condivisa principale

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

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• rec: clustalo

  programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine

• rec: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• rec: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

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