Package: ncbi-epcr (2.3.12-1-10)

[ Source: epcr  ]

strumento per testare la presenza di STS in sequenze di DNA

La PCR elettronica (e-PCR) è una procedura computazionale usata per identificare STS (sequence tagged site) all'interno di sequenze di DNA. e-PCR cerca STS potenziali nel DNA ricercando sottosequenze che corrispondano da vicino ai primer PCR e che abbiano ordine, orientamento e spaziatura corretti tali da poter rappresentare i primer PCR usati per generare STS noti.

La nuova versione di e-PCR implementa una strategia di corrispondenza approssimata. Per ridurre la probabilità che una STS esatta possa essere non vista a causa di corrispondenze inesatte, si possono usare parole non contigue invece di una singola parola esatta. Ognuna di queste parole ha gruppi di posizioni significative separate da posizioni "jolly" che non è necessario corrispondano. In aggiunta è anche possibile permettere dei salti negli allineamenti dei primer.

La principale motivazione per implementare la ricerca inversa (chiamata Reverse e-PCR) fu quella di rendere possibile fare ricerche nella sequenza del genoma umano o in altri genomi grandi. La nuova versione di e-PCR fornisce una modalità di ricerca che confronta una sequenza di interrogazione e un database di sequenze.

Questo programma è stato ritirato dall'autore originale e si suggerisce di usare Primer-Blast https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ al suo posto.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::checking, use::searching, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

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