Package: mash (2.3+dfsg-6 and others)

[ Source: mash  ]

veloce stima di distanze in genoma e metagenoma usando MinHash

Mash usa gli hash MinHash sensibili localmente per ridurre grandi biosequenze in sketch rappresentativi e stimare rapidamente le distanze di coppia tra genomi o metagenomi. I database di sketch di Mash delineano in maniera efficace i confini conosciuti tra le specie, permettono la costruzione di filogenie approssimate e possono essere cercati in secondi usando genomi assemblati o risultati grezzi di sequenziamento da Illumina, Pacific Biosciences e Oxford Nanopore. Per la metagenomica, Mash scala fino a migliaia di campioni e può replicare i risultati dello Human Microbiome Project e del Global Ocean Survey in una frazione del tempo.

Other Packages Related to mash

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcapnp-1.0.1

  libreria C++ Cap'n Proto

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
s390x	2.3+dfsg-6+b1	187.4 kB	546.0 kB	[list of files]