Package: maffilter (1.3.1+dfsg-6)

[ Source: maffilter  ]

elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format

MafFilter applica una serie di "filtri" a un file MAF per ripulirlo, estrarre dati e calcolare statistiche tenendo traccia dei metadati associati come coordinate del genoma e punteggi di qualità.

 * Può elaborare l'allineamento per rimuovere regioni con bassa qualità /
   ambigue / mascherate.
 * Può esportare i dati in un file di allineamenti multipli o singoli in
   formati come Fasta o Clustal.
 * Può leggere i dati delle annotazioni nel formato GFF o GTF ed estrarre
   l'allineamento corrispondente.
 * Può eseguire calcoli con finestre mobili.
 * Può ricostruire filogenie/genealogie insieme all'allineamento del
   genoma.
 * Può calcolare statistiche genetiche sulla popolazione come spettro di
   frequenza dei siti, numero di siti fissi/polimorfici, ecc.

Other Packages Related to maffilter

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  libreria principale di Bio++

• dep: libbpp-phyl-omics3t64 (>= 2.4.1)

  libreria filogenetica di Bio++: componenti genomiche

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  libreria filogenetica di Bio++

• dep: libbpp-seq-omics3t64 (>= 2.4.1)

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• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  libreria per sequenze di Bio++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

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• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• sug: maffilter-examples

  elabora allineamenti di genoma in Multiple Alignment Format (dati d'esempio)

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