Package: hisat2 (2.2.1-5)

[ Source: hisat2  ]

allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

HISAT2 è un programma di allineamento veloce e sensibile per mappare le letture di sequenziamento della prossima generazione (sia DNA che RNA) su una popolazione di genomi umani (e anche su un singolo genoma di riferimento). Sulla base di un'estensione di BWT per i grafi, è stato progettato e implementato un indice GFM (graph FM). Oltre a usare un indice GFM globale che rappresenta una popolazione di genomi umani, HISAT2 usa un grande insieme di piccoli indici GFM che collettivamente coprono l'intero genoma (ciascun indice rappresenta una regione genomica di 56 kbp, con 55000 indici necessari per coprire la popolazione umana). Questi piccoli indici (chiamati indici locali), combinati con diverse strategie di allineamento, permettono un allineamento rapido e accurato delle letture di sequenziamento. Questo nuovo schema di indicizzazione è chiamato indice HGFM (Hierarchical Graph FM).

Other Packages Related to hisat2

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• rec: bcftools

  identificazione di varianti genomiche e manipolazione di file VCF/BCF

• rec: python3-hisat2

  Python scripts accompanying hisat2

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
riscv64	3,776.5 kB	12,706.0 kB	[list of files]