Package: smalt-examples (0.7.6-13)

[ Source: smalt  ]

strumento per mappatura e allineamento di sequenze (esempi)

SMALT allinea in modo efficiente letture di sequenziamenti di DNA con un genoma di riferimento. Le letture da una vasta gamma di piattaforme di sequenziamento, per esempio Illumina, Roche-454, Ion Torrent, PacBio o ABI-Sanger, possono essere elaborate incluse letture accoppiate.

Il software utilizza un indice di hash perfetto di brevi parole (lunghezza < 20 nucleotidi), campionate a intervalli equidistanti lungo le sequenze genomiche di riferimento.

Per ogni lettura, i segmenti nel riferimento che potenzialmente corrispondono vengono identificati a partire da corrispondenze con "seed" nell'indice e successivamente vengono allineati con la lettura usando un algoritmo Smith-Waterman a bande.

Vengono riportati i migliori allineamenti con gap di ciascuna lettura, incluso un punteggio per l'affidabilità dell'allineamento migliore. L'utente può regolare il compromesso tra sensibilità e velocità, regolando la lunghezza e la spaziatura fra le parole di cui viene fatto l'hash.

È fornita una modalità per l'identificazione delle letture divise (chimere). È gestita l'esecuzione del programma in modalità multi-thread.

Questo pacchetto contiene dati d'esempio e una suite di test per controllare i dati.

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