Package: augustus (3.5.0+dfsg-4 and others)
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Similar packages:
predizione di geni in genomi di eucarioti
AUGUSTUS è un software per la predizione di geni in sequenze genomiche di eucarioti che è basato su un modello di Markov nascosto (HMM) generalizzato, un modello probabilistico di una sequenza e della sua struttura di geni. Dopo aver appreso le strutture dei geni da una annotazione di riferimento, AUGUSTUS usa l'HMM per riconoscere i geni in una nuova sequenza e la annota con le regioni di geni identificati. Suggerimenti esterni, es. dal sequenziamento di RNA, EST o allineamenti di proteine, ecc., possono essere usati per guidare e migliorare il processo di ricerca dei geni. Il risultato è l'insieme delle strutture di geni più probabili che rispettano tutti i vincoli dati dall'utente, se tali strutture di geni esistono. AUGUSTUS include già HMM pronti per molte specie e script per istruire modelli personalizzati usando genomi annotati.
Other Packages Related to augustus
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- dep: augustus-data
- file dei dati per AUGUSTUS
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)
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- dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)
- libreria Boost.Iostreams
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)
- libreria di ordinamento COLAMD per matrici sparse
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- dep: libgcc-s1 (>= 4.5)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)
- GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni
-
- dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)
- libreria client del database MariaDB
-
- dep: libmysql++3t64
- MySQL C++ library bindings (runtime)
-
- dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)
- libreria condivisa SQLite 3
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
-
- rec: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
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- sug: cdbfasta
- strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA
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- sug: diamond-aligner
- allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- Interfaccia Perl5 per database MariaDB/MySQL
-
- sug: libfile-which-perl
- modulo Perl per cercare programmi eseguibili nel PATH
-
- sug: libparallel-forkmanager-perl
- simple parallel processing fork manager for Perl
-
- sug: libyaml-perl
- YAML non è un linguaggio di Markup
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- sug: python3-biopython
- libreria Python 3 per bioinformatica
Download augustus
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
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mips64el | 3.5.0+dfsg-4+b5 | 1,860.1 kB | 14,385.0 kB | [list of files] |