Package: veryfasttree (4.0.4+dfsg-1)

[ Source: veryfasttree  ]

velocizzazione della stima di alberi filogenetici da sequenze

VeryFastTree è un'implementazione altamente efficiente, ispirata allo strumento FastTree-2, progettata per velocizzare l'inferenza di alberi filogenetici approssimatamente per massima verosimiglianza a partire da allineamenti di sequenze nucleotidiche o di proteine. È un'implementazione ottimizzata progettata per accelerare la stima di filogenie per allineamenti vasti. Sfruttando strategie di parallelizzazione e vettorizzazione, VeryFastTree migliora significativamente le prestazioni e la scalabilità di analisi filogenetiche, permettendo di costruire alberi filogenetici in una frazione del tempo richiesto in precedenza.

Mantenendo l'integrità di FastTree-2, VeryFastTree mantiene le stesse fasi, metodi ed euristiche utilizzati per la stima di alberi filogenetici. Ciò assicura che l'accuratezza topologica degli alberi prodotti da VeryFastTree rimanga equivalente a quella di FastTree-2. Inoltre, a differenza della versione parallela di FastTree-2, VeryFastTree garantisce risultati deterministici, eliminando ogni potenziale variazione nell'output.

Per facilitare una transizione senza problemi per gli utenti, VeryFastTree adotta esattamente gli stessi argomenti per la riga di comando di FastTree-2. Ciò significa che, semplicemente sostituendo FastTree-2 con VeryFastTree e usando lo stesso insieme di opzioni, gli utenti possono migliorare significativamente le prestazioni globali delle loro analisi filogenetiche.

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