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Questo programma trova siti di polimorfismo a singolo nucleotide (SNP) da file di input di allineamenti multi-fasta (che possono essere compressi). Il suo output può essere in vari formati largamente usati (Multi Fasta Alignment, Vcf, phylip).

Il software è stato sviluppato al Wellcome Trust Sanger Institute.

Un polimorfismo a singolo nucleotide (SNP, pronunciato snip) è una variazione della sequenza di DNA che si verifica quando un singolo nucleotide, A, T, C o G, nel genoma (o un'altra sequenza condivisa) è differente nei membri di una specie biologica o in coppie di cromosomi. Per esempio, due frammenti di sequenze di DNA da individui diversi, AAGCCTA e AAGCTTA, contengono una differenza in un unico nucleotide. In questo caso ci sono due alleli. Quasi tutti i comuni SNP hanno due alleli.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Purpose: Analysing

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