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Mothur cerca di sviluppare un unico software open source, estensibile per soddisfare le necessità dei bioinformatici nel campo dell'ecologia microbica. Ha incorporate le funzionalità di dotur, sons, treeclimber, s-libshuff, unifrac e molto altro. In aggiunta a migliorare la flessibilità di questi algoritmi, sono state aggiunte svariate altre funzionalità inclusi strumenti di calcolo e visualizzazione.

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