Package: atac (0~20150903+r2013-9)

[ Source: kmer  ]

confronto di genomi assemblaggio-verso-assemblaggio

atac calcola un allineamento uno-a-uno per coppie di grandi sequenze di DNA. Prima trova i k-meri unici in ciascuna sequenza, li concatena in blocchi più grandi e riempie gli spazi tra i blocchi. È stato scritto principalmente per trasferire annotazioni tra diversi assemblaggi del genoma umano.

L'output è un insieme di "corrispondenze" senza interruzioni e un insieme di "successioni" con interruzioni formate dalle corrispondenze. Ciascuna corrispondenza o successione associa una sequenza con l'altra sequenza. L'associazione è "unica" nel senso che non ci sono altre associazioni (di dimensioni considerevoli) per l'una o l'altra sequenza. Perciò, grandi ripetizioni e duplicazioni non sono presenti nell'output, appaiono come regioni non mappate.

Sebbene l'output sia sempre a coppie, atac può tenere in cache i risultati intermedi per velocizzare il confronto di sequenze multiple.

Questo pacchetto fa parte della suite Kmer.

Other Packages Related to atac

• dep: gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: leaff

  applicazioni e utilità per librerie di sequenze biologiche

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfile-which-perl

  modulo Perl per cercare programmi eseguibili nel PATH

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: meryl

  conteggio di k-meri in- e out-of-core e utilità

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3.12

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione 3.12)

• rec: kmer-examples

  dati d'esempio per l'insieme kmer di strumenti per l'analisi di sequenze di DNA

Download atac

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	401.8 kB	2,994.0 kB	[list of files]