Package: samtools (1.20-3)

[ Source: samtools  ]

elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Samtools è un insieme di utilità che manipolano allineamenti di sequenze di nucleotidi nel formato binario BAM. Importa ed esporta nei formati SAM (Sequence Alignment/Map - allineamento/mappa di sequenze) e CRAM ASCII, effettua ordinamenti, unioni e indicizzazioni e permette di rintracciare letture in qualsiasi regione in modo veloce. È stato progettato per funzionare su flussi di dati ed è in grado di aprire un file BAM o CRAM (non SAM) su un server FTP o HTTP remoto.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Other Packages Related to samtools

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libhts3t64 (>= 1.20~)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libncurses6 (>= 6)

  librerie condivise per la gestione del terminale

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  libreria condivisa di basso livello terminfo per la gestione del terminale

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

• sug: cwltool

  implementazione di riferimento di Common Workflow Language

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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