Package: mira-assembler (4.9.6-11)

[ Source: mira  ]

assemblatore di sequenze di genomi interi con metodo shotgun e di EST

L'assemblatore di frammenti di genoma mira è un assemblatore specializzato per progetti di sequenziamento considerati "difficili" a causa di un alto numero di ripetizioni simili. Per i trascritti di EST (expressed sequence tag, etichette di sequenze espresse), miraEst è specializzato nel ricostruire trascritti originali di mRNA, al contempo rilevando e classificando polimorfismi di singoli nucleotidi (SNP) che vi appaiono in diverse variazioni.

L'assemblatore viene normalmente utilizzato per compiti vari quali la rilevazione di mutazioni in diversi tipi di cellule, analisi di somiglianza di trascritti tra organismi diversi e l'assemblaggio originale di sequenze da varie fonti per la progettazione di oligonucleotidi in esperimenti clinici con microarray.

Il pacchetto fornisce gli eseguibili elencati in seguito. Binari forniti:

 * mira: per assemblare sequenze genomiche;
 * miramem: stima la memoria necessaria per assemblare progetti;
 * mirabait: uno strumento in stile "grep" per selezionare letture con
   k-meri fino a 256 basi;
 * miraconvert: uno strumento per convertire, estrarre e, a volte,
   ricalcolare tutte i tipi di dati relativi ai file di assemblaggio di
   sequenze.

Tags: Role: Program

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• rec: mira-rfam-12s-rrna

  estratto del database di rRNA RFAM 12

• sug: mira-doc

  documentazione per l'assembler mira

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	2,145.5 kB	7,031.0 kB	[list of files]