Package: brig (0.95+dfsg-3)

[ Source: brig  ]

BLAST Ring Image Generator

BRIG può visualizzare confronti circolari tra grandi quantità di genomi, con un accento sulla gestione dei dati di assemblaggio dei genomi.

 * Le immagini mostrano sotto forma di cerchi concentrici le similarità
   tra una sequenza centrale di riferimento e altre sequenze.
 * BRIG esegue automaticamente tutti i confronti BLAST e l'analisi dei
   file tramite una semplice GUI.
 * I confini dei contig e la copertura delle letture possono essere
   visualizzati per le bozze di genoma; possono essere visualizzati grafici
   personalizzati e annotazioni.
 * Usando come input un insieme di geni definito dall'utente, BRIG può
   visualizzare la presenza, l'assenza, il troncamento o la variazione
   della sequenza di un gene in un insieme di genomi completi, bozze di
   genoma e perfino dati di sequenza non assemblati, grezzi.
 * BRIG accetta anche file di mappa di letture in formato SAM permettendo
   di confrontare simultaneamente regioni genomiche presenti in sequenze
   non assemblate da campioni multipli.

Other Packages Related to brig

• dep: cgview

  visualizzatore di genoma circolare

• dep: default-jre

  runtime Java standard o compatibile

  or java6-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre

  or java7-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre

  or java8-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre

  or java9-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre

  or java10-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre

  or java11-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-17-jre, openjdk-21-jre

• dep: jarwrapper (>= 0.5)

  esegue file .jar Java

• dep: libjdom1-java

  libreria leggera e veloce che usa XML

• dep: libswing-layout-java

  estensioni per Swing layout

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	112.0 kB	412.0 kB	[list of files]