Package: r-bioc-genomicfeatures (1.56.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-genomicfeatures  ]

strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

Un insieme di strumenti e metodi per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle. Con questi strumenti l'utente può facilmente scaricare le posizioni genomiche di trascritti, esoni e CDS di un dato organismo dallo UCSC Genome Browser o da un database BioMart (in futuro saranno gestite ulteriori fonti). Queste informazioni sono poi memorizzate in un database locale che tiene traccia delle relazioni tra trascritti, esoni, CDS e geni. Sono forniti dei metodi flessibili per estrarre le caratteristiche desiderate in un formato comodo.

Other Packages Related to r-bioc-genomicfeatures

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  funzioni generiche per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

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• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

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• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.44.0)

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

• dep: r-cran-dbi

  pacchetto GNU R che fornisce un'interfaccia generica per database

• sug: r-bioc-annotationfilter (>= 1.28.0)

  funzionalità per filtrare risorse di annotazioni per Bioconductor

• sug: r-bioc-bsgenome (>= 1.72.0)

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl

• sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db (>= 3.19.1)

  annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-markdown

  GNU R package providing R bindings to the Sundown Markdown rendering library

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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