Package: libjellyfish-2.0-2 (2.3.1-4)
Links for libjellyfish-2.0-2
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Étienne Mollier (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.genome.umd.edu]
Similar packages:
conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)
JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.
JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".
Questo pacchetto contiene la libreria dinamica verso cui ha il link l'eseguibile principale di jellyfish.
Other Packages Related to libjellyfish-2.0-2
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- dep: libc6 (>= 2.38)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
Download libjellyfish-2.0-2
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 65.6 kB | 204.0 kB | [list of files] |