Package: cat-bat (5.3-2)

[ Source: cat-bat  ]

classificazione tassonomica di contig e genomi assemblati da metagenoma (MAG)

Contig Annotation Tool (CAT) e Bin Annotation Tool (BAT) sono catene di elaborazione per la classificazione tassonomica di lunghe sequenze di DNA e genomi assemblati da metagenoma (MAG/bin) di microorganismi sia noti sia (altamente) sconosciuti, come generati dagli attuali studi metagenomici. L'algoritmo centrale di entrambi i programmi coinvolge l'identificazione di geni, la mappatura degli ORF predetti rispetto al database nr di proteine, e classificazione basata su punteggi dell'intero contig/MAG sulla base della classificazione dei singoli ORF. CAT e BAT possono essere eseguiti da passaggi intermedi se i file sono formattati in modo appropriato.

Other Packages Related to cat-bat

• dep: diamond-aligner

  allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST

• dep: prodigal

  programma per trovare geni microbici (di batteri e archei)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Download cat-bat

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	38.5 kB	199.0 kB	[list of files]