Package: kleborate-examples (2.4.1-3)

[ Source: kleborate  ]

strumento per screening di assemblati di genomi di Klebsiella (dati di esempio)

Kleborate è uno strumento per fare lo screening di assemblati di genomi di Klebsiella per:

 * tipo di sequenze MLST;
 * specie (es. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, ecc.);
 * loci di virulenza associati a ICEKp: yersiniabactina (ybt),
   colibactina (clb);
 * loci di virulenza associati a plasmidi: salmochelina (iro), aerobactina
   (iuc), ipermucoidi (rmpA, rmpA2);
 * geni di resistenza agli antimicrobici, inclusi SNP di resistenza ai
   chinoloni e troncamenti di resistenza alla colistina;
 * predizione dei sierotipi degli antigeni K (capsula) e O (LPS), tramite
   alleli wzi e Kaptive.

Questo pacchetto fornisce dati d'esempio e test che vengono usati in autopkgtest.

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