grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
Un programma per visualizzare l'allineamento di due sequenze genomiche
insieme con le loro annotazioni. A partire da file di input in formato GFF
produce immagini PostScript per tali allineamenti.
La seguente lista elenca molte delle funzionalità di gff2aplot.
* Grafici di allineamento esaurienti per qualsiasi funzionalità di GFF.
Gli attributi sono definiti separatamente in modo da poter modificare
qualsiasi attributo per un dato file o condividere la stessa
configurazione tra diversi insiemi di dati.
* Tutti i parametri sono impostati in modo predefinito all'interno del
programma, ma può anche essere completamente configurato attraverso
file di personalizzazione flessibili in stile gff2ps. Il programma può
gestire diversi di questi file, riassumendo tutte le impostazioni prima
di produrre l'immagine corrispondente. In più tutti i parametri di
configurazione possono essere impostati attraverso opzioni da riga di
comando; ciò permette agli utenti di provare i parametri prima di
aggiungerli ad un file di personalizzazione.
* L'ordine dei sorgenti è preso dai file in input; se si inverte l'ordine
dei file si può visualizzare l'allineamento con le sue annotazioni per
la nuova disposizione in input.
* Tutti i punteggi di allineamento possono essere visualizzati in un
riquadro PiP sotto all'area gff2aplot, in gradazione di grigi, in toni
di un colore definito dall'utente o in gradienti dipendenti dal
punteggio.
* Può usare caratteri scalabili, che possono anche essere scelti tra i
caratteri di base predefiniti di PostScript. Le etichette di elementi e
gruppi possono essere ruotate per migliorare le leggibilità su entrambi
gli assi.
* Il programma è ancora definito come filtro Unix perciò può gestire dati
da file, ridirezioni e pipe, può scrivere l'output sullo standard output
e avvertimenti sullo standard error.
* gff2aplot può gestire molti formati fisici di pagina (da A0 a A10 e
altri ancora: vedere il manuale per le dimensioni di pagina
disponibili), inclusi quelli definiti dall'utente. Ciò permette, ad
esempio, la creazione di mappe genomiche su poster o l'uso di un
dispositivo di disegno che supporta carta in modulo continuo, sia in
formato orizzontale sia verticale.
* Si possono tracciare allineamenti diversi sullo stesso grafico di
allineamento e distinguerli usando un colore differente per ognuno.
* Il dizionario delle forme è stato espanso perciò ulteriori forme degli
elementi sono ora disponibili (vedere il manuale).
* Le proiezioni delle annotazioni nei grafici di allineamento (i
"nastri") emulano la trasparenza usando colori di riempimento
complementari. Questa funzione permette di mostrare pseudo-sfumature
dei colori quando nastri orizzontali e verticali si sovrappongono.
