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identificazione e caratterizzazione top-down di proteoforme (programmi)

La TopPIC Suite consiste di 4 strumenti software per l'interpretazione di dati di spettrometria di massa top-down: TopFD, TopPIC, TopMG e TopDiff. 

 -TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) è uno strumento software
   per deconvoluzione spettrale top-down ed è un successore di MS-Deconv.
   Raggruppa picchi spettrali top-down in inviluppi isotopomeri e converte
   inviluppi di isotopomeri in masse neutre monoisotopiche. In aggiunta
   estrae caratteristiche di proteoforme da dati LC-MS o CE-MS.


 -TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identifica e caratterizza proteoforme a livello
   di proteoma e caratterizza proteoforme a livello di proteoma cercando
   spettri di massa tandem top-down in un database di sequenze proteiche.
   ToPIC è un successore di MS-Align+. Identifica in modo efficiente
   proteoforme con alterazioni inattese, come mutazioni e modifiche
   post-traduzione (PTM), stima accuratamente la significatività
   statistica delle identificazioni e caratterizza le proteoforme con
   spostamenti di massa sconosciuti che riporta. Usa diverse tecniche, come
   indici, allineamento degli spettri, metodi di funzione di generazione e
   il punteggio MIScore (Modification Identification Score), per aumentare
   velocità, sensibilità e accuratezza.


 -TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification
   using Mass Graphs) è uno strumento software per identificare proteoforme
   ultra-modificate cercando spettri di massa tandem top-down in un database
   di sequenze proteiche. È in grado di identificare proteoforme con più
   PTM variabili e alterazioni inattese, come proteoforme di istoni e
   quelle fosforilate. Usa grafi di massa che rappresentano in modo
   efficiente le proteoforme candidate con più PTM variabili, per aumentare
   la velocità e la sensibilità della identificazione delle proteoforme.
   In aggiunta sono impiegati metodi di filtraggio approssimato basato su
   spettri per filtrare le sequenze proteiche e viene usato un metodo
   Monte Carlo a catena di Markov (TopMCMC) per stimare la significatività
   statistica delle identificazioni.


 -TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) confronta l'abbondanza di
   proteoforme e trova proteoforme espresse in modo differente usando
   identificazioni di dati di spettrometria di massa top-down di diversi
   campioni di proteine.

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