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strumenti per assemblaggio (Gap4/Gap5), modifica e analisi di sequenze di DNA

Staden è un insieme completamente sviluppato di strumenti per assemblaggio (Gap4 e Gap5), modifica e analisi di sequenze di DNA.

Gap4 effettua l'assemblaggio di sequenze, l'ordinamento di contigui basato su dati di coppie di letture, l'unione di contigui basata sul confronto di sequenze, il controllo di assemblaggi, la ricerca di sequenze ripetute, il suggerimento di esperimenti, l'analisi di coppie di letture e la modifica di contigui. Ha viste grafiche di contigui, modelli, letture e tracce, tutte con scorrimento nel registro. Le funzioni di suggerimento di esperimenti e le ricerche dell'editor di contigui usano valori di confidenza per calcolare la confidenza della sequenza di consenso e perciò identificare solamente le posizioni che richiedono l'ispezione visiva delle tracce o dati aggiuntivi. Il risultato è un tempo estremamente rapido e un consenso di accuratezza nota.

Pregap4 fornisce un'interfaccia utente grafica per impostare l'elaborazione necessaria per preparare dati di tracce per l'assemblaggio o l'analisi e automatizza questi processi.

Trev è un visualizzatore e un editor rapido e flessibile per file di traccia ABI, ALF, SCF e ZTR.

Prefinish analizza assemblaggi di sequenze parzialmente completi e suggerisce l'insieme più efficiente di esperimenti per aiutare a completare il progetto.

Tracediff e hetscan localizzano automaticamente mutazioni confrontando dati di tracce con tracce di riferimento. Annotano le mutazioni trovate in modo che siano pronte per la visualizzazione in gap4.

Spin analizza sequenze di nucleotidi per trovare geni, siti di restrizione, motivi, ecc. Può effettuare traduzioni, trovare frame di lettura aperti, contare i codoni, ecc. Molti risultati sono presentati graficamente e una finestra per sequenza con scorrimento è collegata al cursore grafico. Spin inoltre confronta coppie di sequenze in molti modi. Ha un'analisi a matrice di punti molto veloce, algoritmi di allineamento globale e locale più una finestra per sequenza con scorrimento collegata ai tracciati grafici. Può confrontare acidi nucleici con acidi nucleici, proteine con proteine e proteine con acidi nucleici.

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