Package: simkamin (1.5.3-8)

[ Source: simka  ]

metodo metagenomico comparativo approssimato dedicato a insiemi di dati NGS

Simka è uno strumento metagenomico comparativo de novo. Simka rappresenta ciascun insieme di dati come spettro di k-meri e calcola svariate distanze ecologiche classiche tra essi.

La differenza rispetto a Simka sta nel fatto che SimkaMin produce in output risultati approssimati (ma molto simili) sottocampionando lo spazio dei k-meri. Con questa strategia e con i parametri predefiniti, SimkaMin è di un ordine di grandezza più veloce, usa 10 volte meno memoria e 70 volte meno disco di Simka.

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• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

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