Package: concavity (0.1+dfsg.1-5) [debports]

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predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione

ConCavity predice i siti di legame delle proteine con ligandi combinando conservazione evolutiva della sequenza e struttura 3D.

ConCavity accetta come input la struttura di una proteina in formato PDB e opzionalmente file che caratterizzano la conservazione evolutiva della sequenza delle catene nel file di struttura.

I seguenti file di risultato sono prodotti in maniera predefinita:

 * predizioni dei residui di legame con ligandi per ciascuna catena
   (*.scores);
 * predizioni dei residui di legame con ligandi in un file in formato PDB
   (punteggi dei residui inseriti nel campo del fattore temp.,
   *_residue.pdb);
 * predizioni delle posizioni delle tasche in un file in formato DX (*.dx);
 * script PyMOL per visualizzare le predizioni (*.pml).

Other Packages Related to concavity

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• sug: conservation-code

  strumento per punteggio di conservazione per le sequenze di proteine

• sug: pymol

  sistema di grafica per molecole

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	218.0 kB	971.0 kB	[list of files]