Package: bowtie2 (2.4.5-1) [debports]

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allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

Uno strumento ultraveloce che usa la memoria in maniera efficiente per allineare letture di sequenziamento a sequenze lunghe di riferimento. È particolarmente adatto per allineare letture da circa 50 fino a centinaia o migliaia di caratteri e particolarmente adatto per allineare a genomi relativamente lunghi (es. mammiferi).

Bowtie 2 indicizza il genoma con un indice FM per mantenere bassa l'impronta di memoria: per il genoma umano, la sua impronta di memoria è tipicamente intorno a 3,2 GB. Bowtie 2 gestisce le modalità di allineamento con gap, locali e a estremità accoppiate.

Other Packages Related to bowtie2

• dep: libc6 (>= 2.33)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  libreria di compressione - runtime

• sug: bowtie2-examples

  esempi per bowtie2

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	1,197.3 kB	5,155.0 kB	[list of files]