Package: bali-phy (3.6.1+dfsg-3) [debports]

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inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

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