all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source:  ]

Package: seaview (1:5.0.5-2 and others) [debports]

Links for seaview

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package :

Not found

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

SeaView è un visualizzatore ed editor per allineamenti multipli di sequenze, cioè sequenze di DNA o proteine sono posizionate ciascuna nella propria riga separata, in modo che il nucleotide/aminoacido in una particolare posizione (colonna) sia considerato avere la stessa proprietà biochimica.

SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0.

SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.

Other Packages Related to seaview

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download seaview

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
sh4 (unofficial port) 1:5.0.5-2+b1 430.3 kB951.0 kB [list of files]