Package: r-cran-ape (5.8-1) [debports]

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pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione

Questo pacchetto fornisce funzioni per leggere, scrivere, disegnare e manipolare alberi filogenetici, analisi di dati comparativi in un'infrastruttura filogenetica, analisi di caratteri ancestrali, analisi di diversificazione e macroevoluzione, calcoli di distanze da sequenze di DNA, lettura e scrittura di sequenze nucleotidiche oltre all'importazione da BioConductor e svariati strumenti come il test di Mantel, grafici skyline generalizzati, esplorazioni grafiche di dati filogenetici (alex, trex, kronoviz), stime di tassi evolutivi assoluti e alberi in stile orologio usando lunghezze di percorsi medi e verosimiglianza con penalità, traduzione di DNA in sequenze di AA e valutazione di allineamenti di sequenze. Le stime filogenetiche possono essere fatte con i metodi NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM e triangolare e svariati metodi gestiscono matrici di distanze non complete (NJ*, BIONJ*, MVR* e il corrispondente metodo triangolare). Alcune funzioni chiamano applicazioni esterne (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) i cui risultati vengono restituiti ad R.

Other Packages Related to r-cran-ape

• dep: libc6 (>= 2.37)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  libreria di supporto a GCC

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

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• sug: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

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  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

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• sug: r-cran-gee

  risolutore di equazioni di stima generalizzate

• sug: r-cran-igraph

  analisi e visualizzazione di reti per GNU R

• sug: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sh4 (unofficial port)	2,859.7 kB	3,676.0 kB	[list of files]