Package: ragout (2.3-5)

[ Source: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) è uno strumento per creare scaffold a livello di cromosoma che usa riferimenti multipli. Dati dei frammenti iniziali di assemblamento (contig/scaffold) e uno o più riferimenti correlati (completi o bozze), produce un assemblato su scala di cromosoma (come insieme di scaffold).

L'approccio è basato sull'analisi di riarrangiamenti genomici (come inversioni o traslocazioni cromosomiche) tra i genomi di input e sulla ricostruzione della struttura più parsimoniosa del genoma obiettivo.

Ragout ora gestisce genomi sia piccoli sia grandi (di scala e complessità dei Mammiferi). L'assemblaggio di genomi altamente polimorfici è attualmente limitato.

Other Packages Related to ragout

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-networkx

  strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)

• dep: python3-six

  libreria di compatibilità per Python 2 e 3

• rec: sibelia

  strumento per genomica comparativa

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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