Package: artfastqgenerator (0.0.20150519-5)

[ Source: artfastqgenerator  ]

produce in output file FASTQ artificiali derivati da un genoma di riferimento

ArtificialFastqGenerator prende come input un genoma di riferimento (in formato FASTA) e produce in output file FASTQ artificiali nel formato Sanger. Può accettare punteggi di qualità delle basi Phred da file FASTQ esistenti e usarli per simulare errori di sequenza. Dato che i file FASTQ artificiali sono derivati dal genoma di riferimento, quest'ultimo fornisce un gold standard per l'identificazione delle varianti (SNP, polimorfismi a singolo nucleotide, e indel, inserzioni e delezioni). Questo permette la valutazione di una catena di elaborazione dati per l'analisi di NGS (Next Generation Sequencing, sequenziamento di prossima generazione) che allinea letture al genoma di riferimento e poi identifica le varianti.

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• dep: default-jre

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