Package: sga (0.10.15-7 and others)

[ Source: sga  ]

assemblatore de novo di genoma che usa grafi di stringhe

L'obiettivo principale di SGA è di essere molto efficiente in termini di memoria, il che è raggiunto usando una rappresentazione compressa delle letture di sequenze di DNA.

SGA è un assemblatore de novo per letture di sequenze di DNA. È basato sulla formulazione di assemblaggio di grafi di stringhe di Gene Myers e usa l'FM-index/trasformata di Burrows-Wheeler per trovare in maniera efficiente le sovrapposizioni tra letture di sequenze.

Other Packages Related to sga

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-ruffus

  libreria per pipeline elaborativa di Python 3 ampiamente usata in bioinformatica

• dep: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• rec: abyss

  assemblatore di sequenze, parallelo, de novo per letture corte

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
riscv64	0.10.15-7+b1	663.5 kB	1,496.0 kB	[list of files]