Package: prank (0.0.170427+dfsg-3 and others)

[ Source: prank  ]

kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi

PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle unità strutturali nelle sequenze.

PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML. Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo comodo per analizzare e manipolare i dati.

PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.

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  libreria di supporto a GCC

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  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not arm64, armel, armhf, riscv64]

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• enh: t-coffee

  allineamento di sequenze multiple

Download prank

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	357.3 kB	1,481.0 kB	[list of files]
amd64	0.0.170427+dfsg-3	386.0 kB	1,180.0 kB	[list of files]
arm64	0.0.170427+dfsg-3+b1	326.1 kB	1,129.0 kB	[list of files]
armel	0.0.170427+dfsg-3	328.1 kB	1,091.0 kB	[list of files]
armhf	0.0.170427+dfsg-3	333.8 kB	779.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	372.5 kB	1,200.0 kB	[list of files]
i386	0.0.170427+dfsg-3	395.6 kB	1,303.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	454.4 kB	2,721.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	371.7 kB	1,351.0 kB	[list of files]
mips64el	0.0.170427+dfsg-3	309.6 kB	1,335.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	342.6 kB	1,384.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.0.170427+dfsg-3	349.3 kB	1,320.0 kB	[list of files]
riscv64	0.0.170427+dfsg-3+b1	373.2 kB	885.0 kB	[list of files]
s390x	0.0.170427+dfsg-3	336.6 kB	1,188.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	459.6 kB	1,100.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	306.1 kB	1,164.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.0.170427+dfsg-3	386.7 kB	1,151.0 kB	[list of files]