Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
MUMmer è un sistema per allineare rapidamente interi genomi, sia in
forma completa o in forma di bozza. Per esempio, MUMmer 3.0 può trovare
tutte le corrispondenze esatte di 20 o più coppie di basi in un genoma
di 5 milioni di basi in 13.7 secondi, usando 78MB di memoria su una
macchina Linux desktop a 2.4 GHz. MUMmer può anche allineare genomi
incompleti; gestisce con facilità le centinaia o migliaia di tratti
contigui di un progetto di sequenziamento shotgun e li allinea con un
altro insieme di contigui o con un genoma usando il programma NUCmer
incluso nel sistema. Se le specie sono troppo divergenti per trovare
una somiglianza nell'allineamento delle sequenze di DNA, allora il
programma PROmer può generare allineamenti basati sulla traduzione dei
sei moduli di lettura di entrambe le sequenze di input.
