Package: hhsuite (3.3.0+ds-2) [debports]

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ricerca sensibile di sequenze di proteine basata su allineamenti HMM-HMM

HH-suite è un pacchetto software open-source per la ricerca sensibile di sequenze di proteine basato su allineamenti a coppie di modelli di Markov nascosti (HMM).

Questo pacchetto contiene, tra gli altri programmi e utilità, HHsearch e HHblits.

HHsearch accetta in input un allineamento di sequenze multiple (MSA) o un profilo HMM e cerca in un database di HMM (es. PDB, Pfam o InterPro) proteine omologhe. HHsearch è spesso usato per predizione di strutture di proteine, per rilevare modelli omologhi e per creare allineamenti a coppie interrogazione-modello altamente accurati per la modellazione di omologie.

HHblits può creare MSA di alta qualità a partire da sequenze singole o da MSA. Può trasformarle in una interrogazione HMM e, usando una strategia di ricerca iterativa, aggiunge sequenze significativamente simili dalla ricerca precedente al HMM di interrogazione aggiornato per la successiva iterazione di ricerca. In confronto a PSI-BLAST, HHblits è più veloce, fino a due volte più sensibile e produce allineamenti più accurati.

Other Packages Related to hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8)

  semplice indice/database per grandi quantità di piccoli file

• dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-2)

  ricerca sensibile di sequenze di proteine basata su allineamenti HMM-HMM (dati)

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64 (unofficial port)	10,250.3 kB	79,324.0 kB	[list of files]