Package: mosdepth-examples (0.3.6+ds-1)
Links for mosdepth-examples
Debian Resources:
Download Source Package mosdepth:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
dati di test per mosdepth
Le tecnologie di sequenziamento ad alte prestazioni di "prossima generazione" producono molte piccole letture. La sequenza finale deriva da come queste letture si sovrappongono verso un consenso. Più letture coprono/confermano parti di una sequenza nucleotidica, maggiore è la confidenza. Troppe letture indicherebbero, ad esempio, ripetizioni nel genoma.
mosdepth può produrre in output:
* profondità per base circa 2 volte più velocemente di "samtools depth", circa 25 minuti di tempo di CPU per un genoma 30x; * profondità media per finestra data una dimensione di finestra, come utilizzato per l'identificazione di CNV; * media per regione dato un file BED con regioni; * distribuzione di proporzioni di basi coperte a o sopra un livello soglia per ciascun cromosoma e a livello di intero genoma; * output quantificato che unisce basi adiacenti fintanto che cadono nello stesso gruppo di copertura, es. 10-20; * output per soglia per indicare quante basi in ciascuna regione sono coperte alle soglie date.Quando appropriato i file di output sono compressi con bgzip e indicizzati per facilitare l'uso.
Questo pacchetto contiene un insieme di dati di test e inoltre script di esempio che eseguono alcune suite di test fornite da Debian anche come autopkgtest.
Download mosdepth-examples
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|
all | 996.1 kB | 1,024.0 kB | [list of files] |