Package: kmc (3.2.4+dfsg-1 and others)

[ Source: kmc  ]

conta i k-meri in sequenze genomiche

Il software kmc è progettato per contare k-meri (sequenze di k simboli consecutivi) in un insieme di letture. Il conteggio di k-meri è importante per molte applicazioni bioinformatiche, es. lo sviluppo di assemblatori di grafi di de Bruijn.

Creare grafi di de Bruijn è un approccio comunemente usato per l'assemblaggio di genomi con dati di sequenziamento di seconda generazione. Sfortunatamente errori di sequenziamento (frequenti nella pratica) hanno come risultato altissimi requisiti di memoria per i grafi di de Bruijn, così come tempi di creazione lunghi. Uno degli approcci popolari per gestire questo problema è quello di filtrare le letture in input in modo che i k-meri unici (molto probabilmente ottenuti come risultato di un errore) vengano scartati.

Perciò KMC analizza le letture grezze e produce una rappresentazione compatta di tutte le letture non uniche accompagnate dal numero delle loro occorrenze. L'algoritmo implementato in KMC fa uso soprattutto dello spazio su disco piuttosto che della RAM, il che permette di usare KMC anche sui personal computer comuni. Quando eseguito su server di alta fascia, che sono necessari per i concorrenti di KMC, li supera sia in termini di requisiti di memoria sia di velocità di calcolo. Lo spazio su disco necessario per il calcolo è nell'ordine della dimensione dei dati di input (solitamente è più piccolo).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::program, science::calculation, Scope: Utility, Purpose: Analysing, Calculating

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.2.4+dfsg-1+b1	848.0 kB	4,532.0 kB	[list of files]
amd64	3.2.4+dfsg-1+b1	1,024.6 kB	4,958.0 kB	[list of files]
arm64	3.2.4+dfsg-1+b1	868.0 kB	4,142.0 kB	[list of files]
armel	3.2.4+dfsg-1+b1	879.5 kB	4,185.0 kB	[list of files]
armhf	3.2.4+dfsg-1+b1	917.2 kB	2,961.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.2.4+dfsg-1+b1	1,226.7 kB	4,888.0 kB	[list of files]
i386	3.2.4+dfsg-1+b1	1,069.1 kB	5,137.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.1.1+dfsg-4	915.5 kB	8,074.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.2.4+dfsg-1+b1	960.6 kB	4,665.0 kB	[list of files]
mips64el	3.2.4+dfsg-1+b1	782.4 kB	4,937.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.2.4+dfsg-1+b1	843.6 kB	5,038.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.2.4+dfsg-1+b1	939.4 kB	4,974.0 kB	[list of files]
riscv64	3.2.4+dfsg-1+b1	924.2 kB	3,046.0 kB	[list of files]
s390x	3.2.4+dfsg-1+b1	962.8 kB	4,726.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.2.4+dfsg-1+b1	1,324.4 kB	4,268.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.2.4+dfsg-1+b1	721.8 kB	6,199.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.3+dfsg-10	496.6 kB	2,254.0 kB	[list of files]