Package: transdecoder (5.7.1-2)

[ Source: transdecoder  ]

ricerca di regioni codificanti dentro sequenze trascritte di RNA

TransDecoder identifica regioni codificanti candidate dentro sequenze di trascritti, come quelle generate da assemblati di trascritti da RNA-Seq de novo usando Trinity o costruite sulla base di allineamenti RNA-Seq al genoma usando Tophat e Cufflinks.

TransDecoder identifica le probabili sequenze codificanti sulla base dei seguenti criteri:

 * una lunghezza minima di ORF (Open Reading Frame) è trovata in una
   sequenza di trascritti;
 * un punteggio di log-verosimiglianza simile a quello calcolato dal
   software GeneID è > 0;
 * il precedente punteggio codificante è più alto quando l'ORF è
   trovato nel primo quadro di lettura in confronto agli altri 5 quadri
   di lettura;
 * se un ORF candidato è trovato completamente incapsulato dalle coordinate
   di un altro candidato, viene riferito il più lungo, tuttavia, un
   singolo trascritto può riferire ORF multipli (consentendo operoni,
   chimere, ecc.);
 * opzionalmente il peptide putativo ha una corrispondenza con un dominio
   Pfam al di sopra del punteggio di taglio del rumore.

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