Package: r-cran-qtl (1.66-1) [debports]

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pacchetto GNU R per analisi di linkage dei marcatori genetici

R/qtl è un ambiente estensibile e interattivo per mappare loci per tratti quantitativi (QTL) in incroci sperimentali. È implementato come un pacchetto aggiuntivo per il linguaggio/software statistico R che è liberamente disponibile e largamente usato (vedere http://www.r-project.org).

Lo sviluppo di questo software come componente aggiuntivo per R permette di sfruttare le funzioni matematiche e statistiche di base e le potenti capacità di creazione di grafici che sono fornite con R. Inoltre l'utente trae beneficio dall'integrazione perfetta del software di mappatura QTL in un programma di analisi statistica generica. Lo scopo è di rendere i complessi metodi di mappatura QTL disponibili ad una vasta utenza e di permettere agli utenti di concentrarsi sulla creazione dei modelli piuttosto che sul calcolo.

Un componente chiave dei metodi di calcolo per la mappatura QTL è la tecnologia dei modelli di Markov nascosti (HMM) per gestire dati genotipici mancanti. Sono stati implementati i principali algoritmi HMM con gestione della presenza di errori nel genotipo, per reincroci, interincroci e incroci a quattro vie con fase nota.

La versione attuale di R/qtl include funzionalità per stimare mappe genetiche, identificare errori nel genotipo ed effettuare scansioni del genoma per QTL singoli e scansioni del genoma bidimensionali per due QTL, usando mappature di intervalli (con l'algoritmo EM), regressione di Haley-Knott e imputazione multipla. Tutto questo può essere fatto in presenza di covariate (come sesso, età o trattamento). È anche possibile adattare modelli QTL di ordine più alto usando l'imputazione multipla.

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