Package: prime-phylo (1.0.11-11) [debports]

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stima bayesiana di alberi genetici che tiene in considerazione l'albero delle specie

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) è un pacchetto che permette l'inferenza di parametri evoluzionistici in un'infrastruttura bayesiana usando simulazioni con catene di Markov Monte Carlo. Una caratteristica distintiva di PrIME è che l'albero delle specie viene tenuto in considerazione quando vengono analizzati gli alberi genetici.

I dati di input di PrIME è un allineamento di sequenze multiple in formato FASTA e i dati di output contengono alberi in formato Newick.

Other Packages Related to prime-phylo

• dep: libblas3

  implementazione di riferimento dell'algebra lineare di base, libreria condivisa

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0)

  interfaccia C++ per MPI (Message Passing Interface)

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  libreria di serializzazione per C++

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  libreria per il passaggio di messaggi dalle alte prestazioni - libreria condivisa

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: libunwind8

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  libreria XML di GNOME

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: mafft

  programma per allineamenti multipli per sequenze aminoacidiche o nucleotidiche

• sug: mrbayes

  inferenza bayesiana per filogenetica

• sug: muscle

  programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• sug: njplot

  programma per disegnare alberi filogenetici

• sug: phyml

  stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

• sug: probalign

  allineamento di sequenze multiple usando le probabilità a posteriori della funzione di ripartizione

• sug: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• sug: raxml

  RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici

• sug: treeviewx

  visualizza e stampa alberi filogenetici

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ia64 (unofficial port)	892.6 kB	5,266.0 kB	[list of files]