Package: exonerate (2.4.0-5 and others) [debports]

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strumento generico per il confronto di sequenze di coppie

Exonerate permette l'allineamento di sequenze tramite molti modelli di allineamento, usando una programmazione dinamica esaustiva o una varietà di euristiche. Molte delle funzionalità della suite di programmazione dinamica Wise sono state reimplementate in C per una migliore efficienza. Exonerate è un componente intrinseco della struttura dei database genomici Ensembl, che fornisce punteggi di somiglianza tra sequenze di RNA e di DNA e così determinando varianti di splicing e sequenze di codifica generali.

Un sistema di simulazione per esperimenti PCR In-silico (vedere la pagina man di ipcress) è fornito con exonerate.

Questo pacchetto contiene una selezione di utilità per effettuare velocemente semplici manipolazioni su file fasta oltre i 2 Gb.

Other Packages Related to exonerate

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  libreria GLib di routine in C

• sug: wise

  confronto tra biopolimeri, come DNA e sequenze proteiche

• enh: bioperl-run

  wrapper BioPerl: script

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ia64 (unofficial port)	2.4.0-5+b1	2,608.5 kB	22,832.0 kB	[list of files]