Package: minimap2 (2.27+dfsg-1 and others)
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Similar packages:
allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice
Minimap2 è un versatile programma per l'allineamento di sequenze che allinea sequenze di DNA o mRNA rispetto a un grande database di riferimento. Casi d'uso tipici includono: (1) mappatura di letture genomiche PacBio o Oxford Nanopore con il genoma umano; (2) ricerca di sovrapposizioni tra letture lunghe con tassi di errore fino a ~15%; (3) allineamento, tenendo conto degli splice, di letture PacBio Iso-Seq o Nanopore cDNA o Direct RNA rispetto a un genoma di riferimento; (4) allineamento di letture Illumina singole o accoppiate; (5) allineamento assemblaggio-verso-assemblaggio; (6) allineamento dell'intero genoma tra due specie strettamente imparentate con divergenza sotto a ~15%.
Per sequenze di letture di circa 10kb con rumore, minimap2 è decine di volte più veloce dei mappatori di letture lunghe più comuni, come BLASR, BWA-MEM, NGMLR e GMAP. È più accurato su letture lunghe simulate e produce allineamenti biologicamente significativi pronti per le analisi successive. Per letture corte Illumina >100bp, minimap2 è tre volte più veloce di BWA-MEM e Bowtie2, e altrettanto accurato su dati simulati. Valutazioni dettagliate sono disponibili nell'articolo o il preprint su minimap2.
Other Packages Related to minimap2
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
Download minimap2
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
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i386 | 2.27+dfsg-1+b1 | 386.5 kB | 535.0 kB | [list of files] |