Package: mapdamage (2.2.2+dfsg-1)

[ Source: mapdamage  ]

tracciamento e quantificazione di modelli di danno in sequenze di DNA antico

MapDamage è un'infrastruttura computazionale scritta in Python e R che tiene traccia e quantifica i modelli di danno del DNA tra letture di sequenziamento di DNA antico generate da piattaforme di sequenziamento di prossima generazione.

MapDamage è sviluppato al Centre for GeoGenetics dall'Orlando Group.

Other Packages Related to mapdamage

• dep: libopenblas-dev

  libreria BLAS (algebra lineare) ottimizzata (sviluppo, meta)

  or libblas-dev

  Basic Linear Algebra Subroutines 3, libreria statica

  or libatlas-base-dev

  Automatically Tuned Linear Algebra Software, libreria generica statica

  or libblas.so

  virtual package provided by libatlas-base-dev, libblas-dev, libblis-openmp-dev, libblis-pthread-dev, libblis-serial-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: libopenblas-dev

  libreria BLAS (algebra lineare) ottimizzata (sviluppo, meta)

  or liblapack-dev

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione statica

  or libatlas-base-dev

  Automatically Tuned Linear Algebra Software, libreria generica statica

  or liblapack.so

  virtual package provided by libatlas-base-dev, liblapack-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: r-base-core

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• dep: r-cran-gam

  modelli generalizzati additivi per R

• dep: r-cran-ggplot2

  implementazione di Grammar of Graphics

• dep: r-cran-inline

  pacchetto GNU R per fare inline di funzioni C, C++, Fortran da R

• dep: r-cran-rcpp

  pacchetto GNU R per integrazione perfetta tra R e C++

• dep: r-cran-rcppgsl

  GNU R package for integration with the GNU GSL

• dep: seqtk

  strumento veloce e leggero per elaborare sequenze in formato FASTA o FASTQ

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