Package: ecopcr (1.0.1+dfsg-5)

[ Source: ecopcr  ]

stima della qualità dei primer dei codici a barre PCR

Il DNA barcoding è uno strumento per caratterizzare l'origine delle specie usando una sequenza corta da una posizione standard e concordata del genoma. Per essere usato come codice a barre del DNA, un locus del genoma dovrebbe variare tra gli individui della stessa specie solo in modo contenuto e dovrebbe variare tra specie molto rapidamente. Da un punto di vista pratico, un locus per codice a barre dovrebbe essere affiancato da due regioni conservate per designare primer per PCR. Diversi loci di codici a barre scoperti manualmente come COI, rbcL, rRNA 23S, 18S e 16S, o trnH-ps oggi sono usati abitualmente, ma nessuna funzione obiettiva è stata descritta per misurare la loro qualità in termini di universalità (copertura del codice a barre, barcode coverage o Bc) o in termini di capacità di discriminazione tassonomica (specificità del codice a barre, barcode specificity o Bs).

ecoPCR è un software per PCR elettronico sviluppato da LECA e Helix-Project. Aiuta a stimare la qualità dei primer per barcoding. Insieme a OBITools si può post-elaborare l'output di ecoPCR per calcolare la copertura e la specificità del codice a barre. Nuovi primer per barcoding possono essere sviluppati usando il software ecoPrimers.

Other Packages Related to ecopcr

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-reportlab

  libreria ReportLab per creare documenti PDF usando Python3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

Download ecopcr

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	57.5 kB	240.0 kB	[list of files]