Package: r-bioc-grohmm (1.36.0-1) [debports]

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GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Other Packages Related to r-bioc-grohmm

• dep: libc6 (>= 2.2)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18

  Package not available

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-cran-mass

  pacchetto GNU R per MASS di Venables e Ripley

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-edger

  analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo

Download r-bioc-grohmm

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
hppa (unofficial port)	4,343.5 kB	4,516.0 kB	[list of files]