Package: e-mem (1.0.1-5 and others)

[ Source: e-mem  ]

calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi

E-MEM permette il calcolo efficiente di Maximal Exact Match (MEM) che non usa indici a tutto testo. L'algoritmo usa molto meno spazio ed è estremamente adatto alla parallelizzazione. Può calcolare tutti i MEM di lunghezza minima 100 tra i genomi completi dell'uomo e del topo su una macchina con 12 core in 10 minuti e 2 GB di memoria; la memoria richiesta può essere appena di 600 MB. Può funzionare in maniera efficiente su genomi di qualunque dimensione. Sono forniti ampi test e confronti con i migliori algoritmi di oggi.

Mummer ha molti script differenti nei quali uno dei programmi chiave è il calcolo dei MEM. In tutti gli script, il programma per il calcolo dei MEM può essere sostituito facilmente con e-mem per migliori prestazioni.

Other Packages Related to e-mem

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.36) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [loong64]

  libreria GNU Standard C++, versione 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [not arm64, loong64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime

• enh: mummer

  Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

Download e-mem

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.1-5	33.7 kB	106.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.1-5	34.0 kB	106.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.1-5+b2	31.6 kB	99.0 kB	[list of files]
armel	1.0.1-5	33.9 kB	101.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.1-5	33.6 kB	81.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.1-5	39.3 kB	106.0 kB	[list of files]
i386	1.0.1-5	40.2 kB	117.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.1-5	43.8 kB	162.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.0.1-5	31.3 kB	98.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.0.1-5	37.8 kB	113.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.1-5	33.7 kB	117.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.1-5	34.8 kB	162.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.1-5	34.5 kB	162.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.1-5+b2	33.7 kB	87.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.1-5	31.5 kB	102.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.1-5	46.7 kB	105.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.1-5	30.4 kB	100.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.1-5	34.4 kB	101.0 kB	[list of files]