all options
[  buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: dazzdb  ]

Package: dazzdb (1.0+git20250217.a3eefd4-1 and others)

Links for dazzdb

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package dazzdb:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

gestione dei dati di letture di sequenziamento di nucleotidi

Per facilitare le fasi multiple dell'assemblatore dazzler, tutti i dati delle letture sono organizzati in ciò che a tutti gli effetti è un database delle letture e delle loro meta-informazioni. Gli obiettivi del progetto di questo database sono i seguenti: 

 * il database memorizza le informazioni sulle letture Pacbio sorgenti in
   maniera tale che possa ricreare i dati di input originali, permettendo
   perciò a un utente di rimuovere i file sorgenti (effettivamente
   ridondanti); ciò permette di evitare di duplicare gli stessi dati, una
   volta nel file sorgente e una volta nel database;
 * il database può essere costruito in maniera incrementale, cioè nuovi
   dati sulle sequenze possono essere aggiunti al database nel tempo;
 * il database permette in maniera flessibile di memorizzare qualsiasi
   metadato desiderato per le letture; ciò è realizzato con il concetto
   delle *tracce* che gli implementatori possono aggiungere quando ne hanno
   bisogno;
 * i dati sono tenuti in una forma compressa equivalente ai file .dexta e
   .dexqv del modulo di estrazione dati; sia le informazioni .fasta sia
   .quiva per ogni lettura sono tenute nel database e possono essere
   ricreate a partire da esso; le informazioni .quiva possono essere
   aggiunte separatamente e successivamente se lo si desidera;
 * per facilitare lavori paralleli e operazioni su cluster delle fasi
   dell'assemblatore, il database ha un concetto di *partizionamento
   corrente* in cui tutte le letture che sono sopra una data lunghezza e
   opzionalmente uniche per un pozzetto, sono divise in *blocchi*
   contenenti approssimativamente un dato numero di basi, eccetto
   eventualmente l'ultimo blocco che può avere un conteggio ridotto;
   spesso i programmi possono essere eseguiti su blocchi o coppie di
   blocchi e ognuno di tali lavori è ragionevolmente ben bilanciato dal
   momento che i blocchi sono tutti della stessa dimensione; è necessario
   essere cauti nel cambiare la partizione durante un assemblaggio perché
   ciò potrebbe annullare la validità strutturale di qualsiasi risultato
   parziale basato sui blocchi.

Other Packages Related to dazzdb

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download dazzdb

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 200.2 kB2,868.0 kB [list of files]
amd64 1.0+git20250217.a3eefd4-1 221.0 kB1,872.0 kB [list of files]
arm64 1.0+git20250217.a3eefd4-1 194.2 kB2,868.0 kB [list of files]
armel 1.0+git20250217.a3eefd4-1 194.9 kB2,847.0 kB [list of files]
armhf 1.0+git20250217.a3eefd4-1 195.6 kB1,567.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 200.6 kB1,779.0 kB [list of files]
i386 1.0+git20250217.a3eefd4-1 212.1 kB2,011.0 kB [list of files]
ia64 (unofficial port) 1.0+git20230919.414ad05-2 232.4 kB3,168.0 kB [list of files]
loong64 (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 204.3 kB2,866.0 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 194.5 kB1,663.0 kB [list of files]
mips64el 1.0+git20250217.a3eefd4-1 178.0 kB2,933.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 204.5 kB2,868.0 kB [list of files]
ppc64el 1.0+git20250217.a3eefd4-1 213.4 kB2,868.0 kB [list of files]
riscv64 1.0+git20250217.a3eefd4-1 220.9 kB1,440.0 kB [list of files]
s390x 1.0+git20250217.a3eefd4-1 228.0 kB2,003.0 kB [list of files]
sh4 (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 213.2 kB2,271.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 175.8 kB21,705.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 1.0+git20250217.a3eefd4-1 219.0 kB1,775.0 kB [list of files]