Package: cat-bat (5.3-2)

[ Source: cat-bat  ]

classificazione tassonomica di contig e genomi assemblati da metagenoma (MAG)

Contig Annotation Tool (CAT) e Bin Annotation Tool (BAT) sono catene di elaborazione per la classificazione tassonomica di lunghe sequenze di DNA e genomi assemblati da metagenoma (MAG/bin) di microorganismi sia noti sia (altamente) sconosciuti, come generati dagli attuali studi metagenomici. L'algoritmo centrale di entrambi i programmi coinvolge l'identificazione di geni, la mappatura degli ORF predetti rispetto al database nr di proteine, e classificazione basata su punteggi dell'intero contig/MAG sulla base della classificazione dei singoli ORF. CAT e BAT possono essere eseguiti da passaggi intermedi se i file sono formattati in modo appropriato.

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