Package: fsa (1.15.9+dfsg-6)
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- Homepage [fsa.sourceforge.net]
Similar packages:
allineamento statistico veloce di proteine, sequenze di DNA e RNA
FSA (Fast Statistical Alignment) è un algoritmo probabilistico per l'allineamento di sequenze multiple che usa un approccio "basato sulla distanza" per allineare sequenze di proteine, DNA o RNA omologhe. Come i metodi di ricostruzione filogenetica basati sulla distanza, come il Neighbor-Joining, costruiscono una filogenia usando solo stime di divergenza a coppie, FSA costruisce un allineamento multiplo usando solo stime di omologia a coppie. Ciò è reso possibile dalla tecnica di annealing delle sequenze per costruire un allineamento multiplo da confronti a coppie sviluppata da Ariel Schwartz.
FSA porta l'elevata accuratezza, precedentemente disponibile solo per l'analisi su piccola scala di proteine o RNA, a problemi ad ampia scala come l'allineamento di migliaia di sequenze o sequenze con milioni di basi. FSA introduce diversi metodi innovativi per costruire allineamenti migliori:
* FSA usa tecniche di apprendimento automatico per stimare al volo parametri di sostituzione e gap per ciascun insieme di sequenze in input; questo metodo di allineamento con "apprendimento specifico per la richiesta" rende FSA molto robusto: può produrre allineamenti superiori di insiemi di sequenze omologhe che sono soggetti a vincoli evolutivi molto differenti; * FSA è in grado di allineare centinaia o anche migliaia di sequenze usando un algoritmo di inferenza randomizzata per ridurre il costo computazionale degli allineamenti multipli; questa inferenza randomizzata può essere fino a 10 volte più veloce di un approccio diretto con poca perdita di accuratezza; * FSA può allineare velocemente sequenze molto lunghe usando la tecnica "anchor annealing" per risolvere i punti di ancoraggio e proiettarli con l'ancoraggio transitivo, poi ricuce l'allineamento tra i punti di ancoraggio usando i metodi descritti sopra; * la GUI inclusa, MAD (Multiple Alignment Display), può visualizzare gli allineamenti intermedi prodotti da FSA, in cui ciascun carattere è colorato a seconda della probabilità che sia allineato correttamente.
Other Packages Related to fsa
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- dep: exonerate
- strumento generico per il confronto di sequenze di coppie
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: mummer
- Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
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- rec: med-config (>= 2.1)
- pacchetto Debian Med di configurazione generale
Download fsa
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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armhf | 572.1 kB | 2,895.0 kB | [list of files] |